Primeiramente, devemos esclarecer que existem na língua portuguesa as formas femininas soldada, sargenta, coronela, capitã e generala. No entanto, como as Forças Armadas resolveram não adotá-las, preferindo empregar o nome do posto, tanto para os homens como para as mulheres, (até porque alguns ficariam estranhos, como ‘a tenenta’, e outros nem feminino teriam, como ‘major’ e ‘cabo’), a única diferenciação fica sendo o artigo. Exemplo: “A coronel Maria passou as instruções a capitão Marli”.

 Fora da hierarquia militar, no caso particular de capitão, pode-se dizer que é correto – existe esse registro em alguns dicionários – falar em "capitoa", mas é preferível usar o feminino capitã. Aliás, esta palavra é bastante usada, pois designa também o "chefe; a pessoa que comanda, que dirige", ou "atleta que representa a equipe". Exemplo: “Na nossa gincana foi atribuído um prêmio às capitãs das cinco equipes”. (Informações retiradas do site http://kplus.cosmo.com.br/materia.asp?co=60&rv=Gramatica)